MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis F/SotonF3 plasmid pSotonF3

Total Repeats: 167

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020988	TGG	2	6	12	17	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020988	TGG	2	6	34	39	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020988	TGG	2	6	56	61	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020988	TGG	2	6	78	83	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020988	A	6	6	111	116	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020988	TATCT	2	10	241	250	20 %	60 %	0 %	20 %	478474761
7	NC_020988	A	6	6	257	262	100 %	0 %	0 %	0 %	478474761
8	NC_020988	GTT	2	6	396	401	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474761
9	NC_020988	AT	3	6	476	481	50 %	50 %	0 %	0 %	478474761
10	NC_020988	T	6	6	522	527	0 %	100 %	0 %	0 %	478474761
11	NC_020988	T	8	8	580	587	0 %	100 %	0 %	0 %	478474761
12	NC_020988	ATTG	2	8	632	639	25 %	50 %	25 %	0 %	478474761
13	NC_020988	T	6	6	693	698	0 %	100 %	0 %	0 %	478474761
14	NC_020988	A	7	7	726	732	100 %	0 %	0 %	0 %	478474761
15	NC_020988	AAC	2	6	851	856	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474761
16	NC_020988	GT	4	8	1018	1025	0 %	50 %	50 %	0 %	478474761
17	NC_020988	A	6	6	1117	1122	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020988	TCT	2	6	1147	1152	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474762
19	NC_020988	TCT	2	6	1164	1169	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474762
20	NC_020988	ATC	2	6	1194	1199	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474762
21	NC_020988	GA	3	6	1333	1338	50 %	0 %	50 %	0 %	478474762
22	NC_020988	CCA	2	6	1363	1368	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478474762
23	NC_020988	TAA	2	6	1456	1461	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478474762
24	NC_020988	TCTG	2	8	1470	1477	0 %	50 %	25 %	25 %	478474762
25	NC_020988	GAAA	2	8	1496	1503	75 %	0 %	25 %	0 %	478474762
26	NC_020988	TTG	2	6	1511	1516	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474762
27	NC_020988	CCT	2	6	1566	1571	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478474762
28	NC_020988	T	8	8	1612	1619	0 %	100 %	0 %	0 %	478474762
29	NC_020988	AGGA	2	8	1629	1636	50 %	0 %	50 %	0 %	478474762
30	NC_020988	A	6	6	1688	1693	100 %	0 %	0 %	0 %	478474762
31	NC_020988	TGC	2	6	1784	1789	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478474762
32	NC_020988	AAG	2	6	1816	1821	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474762
33	NC_020988	T	6	6	1838	1843	0 %	100 %	0 %	0 %	478474762
34	NC_020988	GATTA	2	10	1856	1865	40 %	40 %	20 %	0 %	478474762
35	NC_020988	A	6	6	1932	1937	100 %	0 %	0 %	0 %	478474762
36	NC_020988	TGTT	2	8	1962	1969	0 %	75 %	25 %	0 %	478474762
37	NC_020988	ATA	2	6	1989	1994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478474762
38	NC_020988	TGC	2	6	2097	2102	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478474762
39	NC_020988	AAT	2	6	2173	2178	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020988	GTT	2	6	2182	2187	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020988	T	7	7	2209	2215	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020988	GTT	2	6	2274	2279	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474763
43	NC_020988	TCA	2	6	2355	2360	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474763
44	NC_020988	GCG	2	6	2442	2447	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478474763
45	NC_020988	ATG	2	6	2492	2497	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474763
46	NC_020988	GAT	2	6	2545	2550	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474763
47	NC_020988	GT	3	6	2557	2562	0 %	50 %	50 %	0 %	478474763
48	NC_020988	GAA	2	6	2569	2574	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474763
49	NC_020988	AT	3	6	2732	2737	50 %	50 %	0 %	0 %	478474763
50	NC_020988	A	8	8	2772	2779	100 %	0 %	0 %	0 %	478474763
51	NC_020988	TTCT	2	8	2808	2815	0 %	75 %	0 %	25 %	478474763
52	NC_020988	TGA	2	6	2847	2852	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474763
53	NC_020988	AGC	2	6	2892	2897	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478474763
54	NC_020988	TTG	2	6	3008	3013	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474763
55	NC_020988	ATT	2	6	3019	3024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474763
56	NC_020988	TC	3	6	3069	3074	0 %	50 %	0 %	50 %	478474763
57	NC_020988	AGA	2	6	3078	3083	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474763
58	NC_020988	ATT	2	6	3084	3089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474763
59	NC_020988	AGA	2	6	3096	3101	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474763
60	NC_020988	CTTAA	2	10	3160	3169	40 %	40 %	0 %	20 %	478474763
61	NC_020988	AGA	2	6	3198	3203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474763
62	NC_020988	AT	3	6	3284	3289	50 %	50 %	0 %	0 %	478474763
63	NC_020988	GTTT	2	8	3334	3341	0 %	75 %	25 %	0 %	478474763
64	NC_020988	AGGA	2	8	3454	3461	50 %	0 %	50 %	0 %	478474763
65	NC_020988	TCT	2	6	3466	3471	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474763
66	NC_020988	A	6	6	3565	3570	100 %	0 %	0 %	0 %	478474763
67	NC_020988	TCA	2	6	3598	3603	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474764
68	NC_020988	GAA	2	6	3637	3642	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474764
69	NC_020988	TTTC	2	8	3714	3721	0 %	75 %	0 %	25 %	478474764
70	NC_020988	AGC	2	6	3740	3745	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478474764
71	NC_020988	GTT	2	6	3795	3800	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474764
72	NC_020988	GGAT	2	8	3834	3841	25 %	25 %	50 %	0 %	478474764
73	NC_020988	AAG	2	6	3934	3939	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474764
74	NC_020988	TAG	2	6	4030	4035	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474764
75	NC_020988	GAA	2	6	4098	4103	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474764
76	NC_020988	ATATAG	2	12	4105	4116	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478474764
77	NC_020988	CAC	2	6	4135	4140	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478474764
78	NC_020988	CAG	2	6	4303	4308	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478474764
79	NC_020988	TTA	2	6	4362	4367	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474764
80	NC_020988	AACGTT	2	12	4368	4379	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478474764
81	NC_020988	AT	3	6	4391	4396	50 %	50 %	0 %	0 %	478474764
82	NC_020988	A	7	7	4434	4440	100 %	0 %	0 %	0 %	478474764
83	NC_020988	AGA	2	6	4497	4502	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474764
84	NC_020988	TTC	2	6	4523	4528	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474764
85	NC_020988	CT	3	6	4533	4538	0 %	50 %	0 %	50 %	478474764
86	NC_020988	A	6	6	4539	4544	100 %	0 %	0 %	0 %	478474764
87	NC_020988	TAAA	2	8	4558	4565	75 %	25 %	0 %	0 %	478474764
88	NC_020988	GAA	2	6	4575	4580	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474764
89	NC_020988	ATTA	2	8	4620	4627	50 %	50 %	0 %	0 %	478474764
90	NC_020988	ATTT	2	8	4654	4661	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020988	A	6	6	4674	4679	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020988	ATA	2	6	4742	4747	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478474765
93	NC_020988	AAT	2	6	4788	4793	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478474765
94	NC_020988	ACA	2	6	4801	4806	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474765
95	NC_020988	AAT	2	6	4864	4869	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478474765
96	NC_020988	TCA	2	6	4870	4875	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474765
97	NC_020988	TTG	2	6	4976	4981	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474765
98	NC_020988	TTG	2	6	5035	5040	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474765
99	NC_020988	AAC	2	6	5050	5055	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474765
100	NC_020988	TAA	2	6	5067	5072	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478474765
101	NC_020988	AGG	2	6	5121	5126	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478474765
102	NC_020988	CAG	2	6	5186	5191	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478474765
103	NC_020988	ATT	2	6	5194	5199	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474765
104	NC_020988	GGC	2	6	5215	5220	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478474765
105	NC_020988	GTT	2	6	5221	5226	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474765
106	NC_020988	TCA	2	6	5281	5286	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474765
107	NC_020988	T	6	6	5451	5456	0 %	100 %	0 %	0 %	478474765
108	NC_020988	CAAA	2	8	5470	5477	75 %	0 %	0 %	25 %	478474765
109	NC_020988	AAAAG	2	10	5563	5572	80 %	0 %	20 %	0 %	478474766
110	NC_020988	TTA	2	6	5585	5590	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474766
111	NC_020988	A	6	6	5608	5613	100 %	0 %	0 %	0 %	478474766
112	NC_020988	CAA	2	6	5725	5730	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474766
113	NC_020988	ATT	2	6	5748	5753	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474766
114	NC_020988	A	6	6	5802	5807	100 %	0 %	0 %	0 %	478474766
115	NC_020988	T	6	6	5903	5908	0 %	100 %	0 %	0 %	478474767
116	NC_020988	GGA	2	6	5920	5925	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478474767
117	NC_020988	ACA	2	6	5935	5940	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474767
118	NC_020988	A	6	6	5983	5988	100 %	0 %	0 %	0 %	478474767
119	NC_020988	TCT	2	6	6025	6030	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474767
120	NC_020988	ATCA	2	8	6102	6109	50 %	25 %	0 %	25 %	478474767
121	NC_020988	A	7	7	6120	6126	100 %	0 %	0 %	0 %	478474767
122	NC_020988	CAT	2	6	6149	6154	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474767
123	NC_020988	AAC	2	6	6202	6207	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474767
124	NC_020988	ATA	2	6	6256	6261	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478474767
125	NC_020988	CCTAG	2	10	6271	6280	20 %	20 %	20 %	40 %	478474767
126	NC_020988	AAG	2	6	6293	6298	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474767
127	NC_020988	TTG	2	6	6302	6307	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474767
128	NC_020988	AATT	2	8	6317	6324	50 %	50 %	0 %	0 %	478474767
129	NC_020988	TTCTA	2	10	6348	6357	20 %	60 %	0 %	20 %	478474767
130	NC_020988	TCGG	2	8	6388	6395	0 %	25 %	50 %	25 %	478474767
131	NC_020988	GAA	3	9	6403	6411	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474767
132	NC_020988	GAT	2	6	6442	6447	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474767
133	NC_020988	TA	3	6	6469	6474	50 %	50 %	0 %	0 %	478474767
134	NC_020988	T	6	6	6506	6511	0 %	100 %	0 %	0 %	478474767
135	NC_020988	CAA	2	6	6512	6517	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474767
136	NC_020988	TCG	2	6	6522	6527	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478474767
137	NC_020988	TC	3	6	6535	6540	0 %	50 %	0 %	50 %	478474767
138	NC_020988	TCT	2	6	6549	6554	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474767
139	NC_020988	AGA	2	6	6558	6563	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474767
140	NC_020988	AGA	2	6	6600	6605	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474767
141	NC_020988	A	7	7	6692	6698	100 %	0 %	0 %	0 %	478474768
142	NC_020988	T	6	6	6711	6716	0 %	100 %	0 %	0 %	478474768
143	NC_020988	A	8	8	6717	6724	100 %	0 %	0 %	0 %	478474768
144	NC_020988	AAG	2	6	6750	6755	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474768
145	NC_020988	ATT	2	6	6821	6826	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474768
146	NC_020988	GAA	2	6	6855	6860	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474768
147	NC_020988	AAG	2	6	6868	6873	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474768
148	NC_020988	CTT	2	6	6933	6938	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474768
149	NC_020988	A	6	6	6946	6951	100 %	0 %	0 %	0 %	478474768
150	NC_020988	CAA	2	6	6994	6999	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474768
151	NC_020988	AGTT	2	8	7018	7025	25 %	50 %	25 %	0 %	478474768
152	NC_020988	TCT	2	6	7038	7043	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474768
153	NC_020988	CCAA	2	8	7087	7094	50 %	0 %	0 %	50 %	478474768
154	NC_020988	AT	3	6	7136	7141	50 %	50 %	0 %	0 %	478474768
155	NC_020988	CTTC	2	8	7242	7249	0 %	50 %	0 %	50 %	478474768
156	NC_020988	GATA	2	8	7277	7284	50 %	25 %	25 %	0 %	478474768
157	NC_020988	AGA	2	6	7297	7302	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474768
158	NC_020988	CAT	2	6	7340	7345	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474768
159	NC_020988	TCC	2	6	7365	7370	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478474768
160	NC_020988	TCT	2	6	7382	7387	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474768
161	NC_020988	ACA	2	6	7388	7393	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474768
162	NC_020988	TCC	2	6	7425	7430	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
163	NC_020988	AT	6	12	7439	7450	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_020988	TAT	2	6	7452	7457	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_020988	AT	6	12	7456	7467	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_020988	GATTT	2	10	7473	7482	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
167	NC_020988	GA	4	8	7486	7493	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.